UNAGRA fue fundada en 1992 como Unión de Crédito y nace a raíz de la privatización de la Industria Azucarera de 1988 y ante la necesidad inminente por parte del Grupo Beta San Miguel de crear fuentes alternativas de financiamiento a los Ingenios del Grupo y sus proveedores de caña.

El 21 de Diciembre de 2005 la CNBV autorizó la transformación a Sociedad Financiera Popular iniciando sus operaciones en el sector de ahorro y crédito popular en la república mexicana y bajo la nueva figura a partir del mes de abril de 2006.